故事从鲁邦三世与次元大介在一间法国乡村小镇公寓里的房间开始。网络上存在一个黑暗的网站「马可波罗」，在那里你可以买到任何非法的东西，如毒品和枪支。为了窃取数位货币，鲁邦入侵了一个严密的服务器设施，并且遇到一位天才黑客少女艾咪。接着鲁邦在「马可波罗」上被悬赏高额的奖金，而鲁邦跟艾咪要共同面对来自各方的杀

本作的目标将围绕“卡里奥斯特罗伯爵的遗产”展开，蕾贝卡罗塞里尼被绑架，鲁邦不能放任自己的“妻子”不管，决定从犯人的手里“盗取”蕾贝卡。这其中又隐藏着什么不可告人的秘密呢？